文殊殿位於大雄寶殿的東側，與普賢殿兩相遙望。

殿堂為棕色木製結構，仿《營造法原》中明清風格建築形式。精巧牢固，尊古融新。

玉佛禪寺的文殊菩薩聖像由銅鑄貼金塑成，全身金色，慈眉善目。五髻冠其項，瓔珞莊嚴其身，手持如意象徵無上智慧、萬事如意。

文殊殿內外有兩塊匾額，其中行書體“文殊殿”三個字由著名書畫家陳佩秋沐手敬書。另一塊匾額，行書體“般若深甚”，由藝術家樂震文書寫。意思是佛法智慧之深奧，擁有不可思議之法義。

在玉佛禪寺的文殊殿抱柱上，由著名書法家徐之美採用莊重的隸書書寫：

我是文殊 更無非文殊 休被是非炫眼目

學真般若 莫說似般若 要將真似辯分明

上聯通過“是非文殊”的典故來錶達：世間存在的色相皆是虛妄，不能簡單的以“是”或“非”來做判斷，不要被是非分別蒙蔽了眼睛，要通過般若智慧的心去領悟。

下聯出自《大般若經》“真般若與相似般若”的典故。當我們有煩惱時，試著用佛法來解決睏苦，這其實還是相似般若，進一步說，真般若是破除了我執之後，從自我為中心、自我的煩惱中脫離後的解脫和智慧。此種智慧乃為真智慧，這也是在提醒我們，要明辨真正的智慧，修正信的佛法。