藥師殿位於玉佛禪寺西片區，與客堂相對。殿內供奉的是東方淨琉璃世界的教主藥師佛，也稱藥師琉璃光如來、大醫王佛、醫王善逝、十二願王等。

藥師佛左手持藥缽，右手結無畏印。他在因地修行時，曾發十二個大願。其中第六、七願就是使衆生遠離各種身心病苦。

藥師殿的兩根抱柱上鐫刻著一對楹聯：“東方世界淨琉璃日月光華照大仟，藥師如來真醫王誓願弘深度衆生。”由著名書法家周誌高沐手敬書。

琉璃，作為佛教“七寶”之一，是一種天青色的半透明寶石，並非通常所認為的彩色水晶玻璃。我們看到很多藥師佛的造像，都是藍色通體透明的，令人有純淨安甯的感覺。

佛陀在鹿野苑初轉法輪時便說，衆生的苦來自對生命真相的無明睏惑。因為無明從而造作惡業，因為造作惡業而不得不承受苦果。所以，隻有幫助衆生根除無明大病，解除痛苦，這才是最徹底的治療方案。

而這張終極藥方就是依佛法正見修行，獲得智慧光明。當內心清淨光明，無明黑暗自然就消失得無影無蹤，痛苦和輪回也就成了無源之水、無本之木。